ScanpixVeteranen Petr Nedved blev ende målskytt i straffläggningen och avgjorde i den fjärde omgången.
S:t Petersburgduon Tony Mårtensson och Mattias Weinhandl var tillbaka i landslaget för första gången sedan VM 2010 och gjorde sin första match under förbundskaptenen Pär Mårts.
Tillsammans med Jonas Andersson, Atlant Mytisjtji, fick de bitvis ordentlig snurr i anfallszon, men lyckades inte överlista tjeckiske målvakten Tomas Pöpperle.
I straffläggningen var Weinhandl en av fyra svenskar som missade.
Det gjorde däremot Modos poängkung Nicklas Danielsson göra - med stor hjälp från Linköpingscentern Calle Söderberg.
Söderberg vann pucken i en duell bakom den tjeckiska kassen, tog sig runt och hittade Danielsson som fick halvtomt mål då Pöpperle inte hann med i sidledsförflyttningen.
Danielsson har gjort succé den här säsongen och är med 18 mål och 45 poäng tvåa i elitseriens poängliga.
Tre Kronor förde matchen och skapade de hetaste chanserna.
Efter två perioder var skottövertaget 24-9 och ledningen borde ha varit större.
I stället kunde Tjeckien kvittera i numerärt överläge sedan Andreas Jämtin, Linköping, dragit på sig sin tredje utvisning i mitten av den tredje perioden. Forwarden Jan Kolar slog in en retur bakom JVM-hjälten Johan Gustafsson, Luleå.
Tre Kronor, titelhållare i hemmaturneringen, möter Ryssland i sin nästa match på lördag.
TT
