ScanpixBåda fullträffarna föll i första halvlek, och strax före halvtid. Nyblivne Arsenal-spelaren Santi Cazorla sköt 1-0 från långt håll i den 42:e minuten och Barcelonas Cesc Fabregas fyllde på med 2-0 tre minuter senare på ett perfekt inlägg från Jesus Navas.
Puerto Rico, 138:e nation på Fifa-rankingen, reducerade men kom aldrig nära en kvittering. Spanien var närmare ett tredje mål.
Noterbart att Spanien saknade Xavi som fick vila av Vincente Del Bosque för att förbereda sig för säsongen. Barcelona-mittfältare drogs med en efterhängsen vadskada förra säsongen.
Europamästarna Spanien inleder VM-kvalet den 11 september mot Georgien. Övrig lag i gruppen är Frankrike, Vitryssland och Finland.
Tobias Jönsson - eurosport.se
