AFPBarcelona-spelaren är den första spelaren sedan Michel Platini att vinna Ballon d'Or tre år i rad. Priset delades ut av brassen Ronaldo.
Messi fick 47,88 procent av rösterna. De övriga nominerade, Cristiano Ronaldo och Xavi, fick 21,6 respektive 9,23 procent av rösterna.
- Det är en stor ära för mig. Det är min tredje Ballon d'Or och jag vill tacka alla de som röstat på mig, mina vänner och mina lagkamrater från Barcelona. Utan er skulle jag inte ha vunnit det här priset, säger Messi.
Han var även nominerad till årets mål för målet mot Arsenal i Champions League, men Neymar blev framröstad som vinnaren i den kategorin.
Messis tränare Pep Guardiola blev utsedd till årets tränare. Barcelona vann bland annat La Liga och Champions League.
På damsidan blev japanskan Homare Sawa utsedd till världens bästa spelare. Japan vann VM-guld förre sommaren.
Tobias Jönsson - eurosport.se
