DPPIDet har tidigare spekulerats om avskedet, men först på torsdagen gick Toro Rosso ut med det officiella meddelandet.
- Det är Sebastians andra år med oss och samarbetat har inte gett de resultat som vi förväntade oss. Vi har därför bestämt att ersätta honom från och med Ungerns Grand Prix, säger stallchefen Franz Tost.
Bourdais debuterade för Toro Rosso förra säsongen och slutade då på sjuttonde plats i förarmästerskapet med totalt fem poäng. I år har han dock haft svårt att konkurrera med stallkamraten Sebastian Buemi, som varit före i kvalet vid sju av nio tillfällen.
Spanjoren Jaime Alguersuari, 19, pekas ut som fransmannens ersättare. Om han kör Ungerns Grand Prix nästa söndag blir han den yngste föraren någonsin att ställa upp i ett GP-lopp.
Johan Wennerström - eurosport.se
